De werking van De Milieuboot wordt voor een belangrijk gedeelte gesteund door de Vlaamse overheid,
Departement Omgeving, afdeling Partnerschappen met Besturen en Maatschappij.
De Milieuboot werkt voor haar educatieve programma's en studiedagen nauw samen met verenigingen,
organisaties, gemeenten en provincies met een (lokale) deskundigheid en terreinkennis.