De werking van De Milieuboot wordt voor een belangrijk gedeelte gesteund door de Vlaamse overheid, Departement Leefmilieu, Natuur en Energie, afdeling Milieu-integratie en –subsidiëringen.

De Milieuboot werkt voor haar educatieve programma's en studiedagen nauw samen met verenigingen, organisaties, gemeenten en provincies met een (lokale) deskundigheid en terreinkennis.